Clark doit se battre pour sortir de la zone fantôme. Jeté dans cette prison kryptonienne crée par Jor-El, Clark se trouve privé de ses pouvoirs mais également entouré de criminels capturés par son père, qui ne cherchent qu'a assouvir leur vengence. L'ancienne assistante de Jor-El, une jeune femme prénommée Raya ( Pascale Hutton), vient à son secours dans la zone fantôme et aide Clark à s'echapper. Mais il se pourrait que d'autres l'ait suivi...
Martha continue à faire face à la vie sans Jonathan, mais aussi à ses sentiments grandissants envers Lionel. Bien que ce dernier ait proposé d'aider Clark, Martha reste incertaine sur ses motifs.
La relation entre Lex et Lana devient sérieuse, grandissant le fossé entre Clark et Lana. Lex aime Lana, mais il reste focalisé sur ses ambitions et continue son voyage sur le chemin du diable. Bien qu'il ait promit de toujours dire la vérité à Lana, il réalise que certaines choses doivent rester secretes afin de préserver leur relation.
L'amitié entre Clark et Lex s'est completement envolée, plus encore, ils sont devenus des ennemis, ce qui force Clark à faire encore plus attention pour protéger son secret. Lex lui a volé Lana, mais plus encore, Clark voit quel dangereux chemin Lex a pris et jure de le stopper.
Un nouveau millionnaire débarque en ville, en la personne de d'Oliver Queen, alias Flèche Verte (Justin hartley) personnage des DC Comics. Bien qu'il n'ait pas de super pouvoirs, Oliver est un talentueux archer qui s'est qualifié pour rejoindre l'équipe olympique des Etats-Unis. Mais il décide d'employer ses talents autrement, en volant l'argent sale des riches pour le donner aux pauvres. Oliver vient de Star City jusqu'à Métropolis pour aider la population à se remettre du virus mortel de Brainiac. Pendant qu'il est en ville, il rencontre la charmante Lois Lane, et éprouve alors une certaine suspiscion et jalousie envers Clark. Oliver découvre les pouvoirs de Clark et lui demande de se joindre à son nouveau projet: former une ligue de supers-héros.
Chloe est agréablement surprise par l'arrivée d'une ancienne connaisance, Jimmy Olsen (Aaron Ashmore), qui rejoint l'équipe du Daily Planet en tant que photographe, et il semblerait qu'ils ravivent une ancienne flamme...