Le visiteur
Cyris, semble posséder certains des pouvoirs de Clark. Clark pense que le jeune homme vient peut-être de le même planéte que lui. Mais Clark s'aperçoit que Cyrus n'est qu'un mutant avec des problèmes psychologique.
Helen emménage chez Lex, elle se demande pourquoi une pièce est fermé et Lex lui avoue qu'il mène une enquête sur Clark. Cependant, elle garde pour elle ce qu'elle a appris sur les Kent.
Chevalier servant
Lana a été agressée par un Andy, Clark perd son sang-froid et blesse le jeune homme. L'affaire se poursuit devant la justice et les Kent risque de perdre leur ferme. Clark remet en cause ses pouvoirs.
L'ex-petit ami d'Helen arrive en ville, il veut reconquérir. Elle refuse ses avances, il se met à la harceler allant même jusqu'a la poignarder. Lex fait justice lui même.
A force égal
Clark est témoin d’un braquage d'un camion de la Luthor Corporation qui transporte de la kryptonite, Clark essaye de interposer mais ne parvient pas à neutraliser les voleurs. Il va les dénoncer à la police, mais ils s'en prennent à ses parents. Clark décide de s'occuper de cette affaire tous seul.
Lionel fait une proposition à Chloé, et Lana rencontre des problèmes avec son père et sa belle-mère.
Accélération
Lana est terrifiée en voyant réapparaître son amie Emily, la fillette s'était noyée il y a des années. Clark découvre que c'est un clone. Le père d'Emily, travaillant pour Lionel, a fabriqué une réplique de sa fille après sa mort. Emily tente de noyer Lana, Clark la sauve, mais le clone s'enfuit. Il trouve refuge auprès de Lionel, qui a repris le contrôle des cavernes indiennes.
Le grand jour approche
Le professseur Walden sort du coma et s'échappe de hôpital où Lex l'avait placé. Dotés de pouvoirs surnaturels, il est persuadé que Clark est sur le point de détruire l'humanité, il décide de le tuer, mais malheureusement c'est lui qui meurt dans une explosion. Clark est apeuré lorsqu'il entend la voix de son père biologique, Jor-El.
Clark et Lana s'avouent enfin leur amour, ce qui provoque la jalousie de Chloé. Elle accepte l'offre de Lionel, qui est d'enquêter sur Clark.
Lex, cambriole le bureau d'Helen pour s'emparer de l'échantillon de sang de Clark. Quand elle l'apprend, elle rompt leurs fiançailles à la veille du mariage.
L’exil
Jor-El annonce à Clark qu'il doit réaliser sa destinée et quitter Smallville. Clark refuse, mais Jor-El lui dit que le malheur s'abattra sur ceux qu'il aime. Désespéré, Clark décide de détruire le vaisseau. Une explosion s'ensuit et ravage la ferme. Martha est blessée et elle perd son bébé, Jonathan tient son fils pour responsable. Clark décide de partir, même si Lana essaye de l'empêcher.
Chloe accepte la proposition de Lionel Luthor et s'apprête à lui révéler tout ce qu'elle sait sur Clark.
Lex et Helen se marient. Ils partent en lune de miel. Lex s'endort dans l'avion, à son réveil il est tout seul. Il ouvre la porte du cockpit, il découvre que l'avion fonce droit sur la mer.
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